Английская разведка располагала сведениями о том, что Гитлер, по предложению начальника РСХА Гиммлера и шефа абвера адмирала Канариса, принял решение убить Гесса, с каким бы риском и трудностями это ни было связано.
Однако указание об устранении Гесса последовало лишь после того, как окончательно выяснилась неудача его миссии. Гестапо и абвер предприняли отчаянные шаги, чтобы избавиться от него, как от человека, знавшего тайны третьего рейха. Гиммлер вызвал эсэсовского генерала Закса, осуществлявшего связь с Канарисом, и отдал приказ: «Рудольфа нужно осторожно обезвредить» .
В Англию были посланы агенты гестапо Вернер Ваелти и Карл Друекке с заданием ликвидировать Гесса. Но их действия пресекла английская секретная служба .
Однако и после этого в Лондоне опасались, как бы Гесса не выкрали или не убили немецкие парашютисты. По личному приказу Черчилля Интеллидженс сервис бдительно охраняла Гесса. Он должен был находиться в строгой изоляции «в удобном доме, не слишком далеко от Лондона», не иметь никаких связей с внешним миром, не принимать посетителей, за исключением лиц, назначенных для этой цели английским министерством иностранных дел. Черчилль приказал «следить за его здоровьем и обеспечить ему комфорт, питание, книги, письменные принадлежности и возможность отдыха». С Гессом обращались, по словам премьера, «почтительно».
Впоследствии Гесс так рассказывал о гостеприимстве английских властей: «Герцог Гамильтон, после того как он посетил меня, позаботился о том, чтобы я был переведен в хороший военный госпиталь. Он находился в сельской местности, в получасе езды от города, в замечательных природных условиях в Шотландии... После 14 дней пребывания в нем меня перевели в Лондон... Маленький домик, в котором я жил, обстановка его в стиле XVII столетия — все это было замечательно. После этого я был переведен в виллу Мишет-Плейз около Олдершога. Там я был окружен большими, прекрасно пахнущими глициниями... Столовая и музыкальные комнаты... были на первом этаже и выходили прямо в парк».
Несколько месяцев, принимая исключительные меры предосторожности, Гесса перевозили с места на место, пока английская секретная служба не убедилась, что ему не угрожают тайные германские агенты. Тогда Гесса отправили в военный госпиталь в Южном Уэльсе, где он и оставался до перевода в Нюрнберг.